A partir du 31 octobre 2006, Estonian Air opèrera des vols réguliers les mardi, jeudi et samedi de l'aéroport de Milan/Malpensa Terminal 1 vers Tallinn. Le check-in se fera au Terminal 1, en zone 7 du hall des départs au 2ème étage. La compagnie offre la possibilité d'accès au Business lounge du Club SEA - Business Lounge Albinoni (situé au Terminal 1). L'aéroport de Malpensa est situé à 50 km du centre de la ville de Milan, soit 50 min en voiture. Le coût du transport du centre ville vers l'aéroport est d'environ 70 € en taxi et de 5.50 € en bus (Malpensa Bus Express - arrêt à la porte n°6 du hall d'arrivée - départ du centre ville de Milan toutes les 20-35 minutes)